则成为“留都”，即“置官留守的首都”。史上唐代也有事实上的留都——“东京”洛阳。因为洛阳和长安相距不远，唐代一些皇帝（特别是改国号为“周”的武则天）曾长期住在洛阳，洛阳成为实际上的京师。南京是太祖所定之都，它名义上的政治地位很高，但实际的地位却不如唐代的洛阳。留都南京对大明朝而言，更多的只是象征意义。

当然，留都南京，除皇帝不在此城外，保留了一整套的中央政府官僚体系，可谓是“备份的朝廷”。六部、都察院、五府和内廷的太监体系，一应俱全。南京朝廷的官员级别和北京同样的官员相同，主要管理南直隶（南京周边十四个府、州，不设行省，直接由朝廷管理）的相应事务。虽然权力不如北京的官员，但也不能说是闲职。因为南直隶所辖的地区，乃经济最发达、文化最昌明之区，天下赋税三成多出自于此。

两京制的利与弊

明朝南、北“两京制”形成后，北京作为政治、军事中心，南京作为经济和文化中心，使帝国的南北达到一种微妙的平衡。设想一下，如果明朝长期将政治中心设置在南京，那么政治、军事、经济、文化中心都在南京，中国北方将持续凋敝，很不利于一个大帝国的统一与稳定。