煊为四川总督，手中掌握数千巡防营兵马的赵尔丰当然不愿束手就擒。他采取了主动，和咨议局政府议长蒲殿俊、罗纶等人谈判，得到新政府负担其巡防营军饷、供给械弹给养等承诺后交出政权。大汉四川军政府宣告成立，蒲殿俊任都督，赵尔丰的心腹、第十七镇统制朱庆澜任副都督。赵尔丰自度手中有枪杆子，足以保住性命。但文人出身的蒲殿俊无法镇住巡防营的骄兵悍将，而涌进成都城的各路以袍哥为首的“同志军”自恃有功，和赵尔丰旧部矛盾不断。终于，在都督蒲殿俊阅兵时巡防营发生叛乱，大肆抢掠成都城各商号、银行和民宅，军令部长尹昌衡及时逃到凤凰山，召集了新军平叛。此时，威信丧尽的军政府不得不改组，职业军人尹昌衡任军政府都督。

巡防营的“兵变”进一步把赵尔丰逼入死地。他所欠的血债尚未偿还，此时四川坊间盛传“兵变”乃他操纵，为的是重新掌握四川政权。这当然是四川绅民最不愿意看到的局面。对新任都督的尹昌衡来说，赵尔丰一日不死，川局一日不得安宁。更使他忧心的是，先期在重庆成立的蜀军政府，认为成都军政府和赵尔丰媾和，是出卖四川人民的利益，他们认为必须诛赵尔丰以谢川民，并宣布将组织军队西征。如此，重庆政府在川民心中显然比成都政府更具有道义上的合法性。